Trước đây, bộ Lươn bao gồm 3 họ:

• Synbranchidae: (Nelson, Joseph S., 1994) Khoảng 23 loài lươn
  • Macrotrema (Regan, 1912)
  • Monopterus (Lacepède, 1800)
  • Ophisternon (McClelland, 1844)
  • Synbranchus (Bloch, 1795)
• Chaudhuriidae: (Nelson, Joseph S., 1994) Khoảng 10 loài lươn.
  • Bihunichthys (Kottelat và Lim, 1994)
  • Chaudhuria (Annandale, 1918)
  • Chendol (Kottelat và Lim, 1994)
  • Garo (Yazdani và Talwar, 1981)
  • Nagaichthys (Kottelat và Lim, 1991)
  • Pillaia (Yazdani, 1972)
• Mastacembelidae: (Nelson, Joseph S., 1994) Khoảng 87 loài cá chạch sông, chạch bông, chạch lửa, chạch lá tre. Theo đánh giá năm 2004 về họ Mastacembelidae, các phân họ trong họ này (Afromastacembelinae và Mastacembelinae) không có đủ cơ sở để tồn tại nên đã bị bác bỏ. Các chi của họ này gồm[1]
  • Macrognathus: (Lacepède, 1800)
  • Mastacembelus (Scopoli (cũ Gronow), 1777)
  • Sinobdella

Một nghiên cứu phát sinh chủng loài năm 2008 cho thấy họ Indostomidae (trước đây xếp trong bộ Gasterosteiformes) lồng sâu trong bộ Synbranchiformes[2]. Nghiên cứu của Betancur và ctv (2013)[3] đã chuyển họ Indostomidae vào bộ Synbranchiformes, đặt bộ Synbranchiformes trong nhánh Anabantomorphariae cùng với bộ Anabantiformes (cá rô, cá quả) và phân chia bộ này như sau:

• Phân bộ Indostomoidei
  • Họ Indostomidae: 1 chi, 3 loài.
• Phân bộ Synbranchoidei
  • Họ Synbranchidae: 4 chi, 23 loài.
• Phân bộ Mastacembeloidei
  • Mastacembelidae: 3 chi, 87 loài.
  • Chaudhuriidae: 6 chi, 10 loài.